江戸城跡(特別史跡)のうち、北ノ丸公園の堀に面する一帯の石垣の間隙にヒカリゴケが生育していることが、昭和44年5月、近くに居住する石川幸八郎氏によって発見された。ヒカリゴケは、従来、長野県佐久市の岩村田ヒカリゴケ産地(大正10年)、埼玉県の吉見百穴ヒカリゴケ発生地(昭和3年11月)の2件が指定されており、このほか地方公共団体の条例による指定地(たとえば北海道羅臼町の洞穴)がある。だいたい中部以北に分布している。薄暗い洞穴内で適当な湿度・温度・光量その他微妙な条件のもとで自生するものであり、東京都内ではもちろん、このような都心に生育することはきわめて珍しい例である(厚生省の所管地で、立ち入りは禁止されている)。